Игумен Макарий (1961 – 2007 гг.) был назначен настоятелем храма в 1990 г. и прослужил в нем до самой своей смерти 15 июня 2007 г.
Отец Макарий родился в мае 1961 года в Москве, получил духовное образование в Московской Духовной семинарии, по окончании которой трудился в Казанском храме в Коломенском, служил диаконом в храмах иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» на Калитниковском кладбище и Всех святых на Соколе, где и был рукоположен во священника.
Недолгое время был настоятелем в храме Рождества Богородицы в Путинках.
В июле 1990-го года отец Макарий был назначен настоятелем вновь открывшегося храма Знамения. За свою короткую жизнь покойный пастырь успел сделать немало. Он возобновил жизнь приходской общины в кунцевском храме и положил немало сил для восстановления его прежнего благолепия. Молитвами и трудами отца Макария была вновь возведена колокольня и построен дом причта.
15 июня в храме Знамения была отслужена панихида о упокоении приснопамятного игумена Макария.